Integracja systemu elektroniczny obieg dokumentów z systemem finansowo księgowym, zazwyczaj realizowana jest w zakresie automatycznego pobierania danych, o kontrachentach z systemu finansowo księgowego. Możliwe jest również zintegrowanie w dowolnym wskazanym przez klienta kierunku (z systemu finansowo-księgowego do elektronicznego obiegu dokumentów lub z systemu elektronicznego obiegu dokumentów do systemu finansowo-księgowego) i na dowolnej płaszczyźnie.